10 августа 1941 года «Армения» была передана военным и стала самым крупным плавучим госпиталем на Черном море, рассчитанным на размещение 400 раненых. Во время обороны и эвакуации Одессы санитарно-транспортное судно «Армения» спасло не менее 16 тысяч человек, совершив 15 рейсов из города в порты Кавказа.

Есть несколько версий, касающихся внешнего вида теплохода после переоснащения. По одним данным, на его бортах были нарисованы красные кресты — международное обозначение госпитального судна. По другим — были не только красные кресты, но и сам транспорт был выкрашен в белый цвет, чтобы не оставалось сомнений в его назначении.

Но есть информация, согласно которой теплоход был серого «военного цвета», и имел на вооружении четыре полуавтоматические универсальные пушки 21-K, что противоречило правилам оснащения санитарного судна, и делало «Армению» в глазах гитлеровцев легальной военной целью. К слову, летом 1941 года вражеская авиация не раз бомбила плавучие госпитали: обстреляны были «Котовский», «Антон Чехов», затоплены «Аджария» и «Кубань».

В начале 2000-х к поискам приступил Департамент морского наследия Украины. По опубликованным координатам не обнаружилось ровным счетом ничего. В 2006 году был привлечен Институт океанографии и океанологии США во главе с Робертом Баллардом, в свое время нашедшим «Титаник». Институт археологии Национальной академии наук и вооруженные силы Украины помимо гидроакустики использовали обитаемый подводный аппарат (ОПА).

В 2009 году в обследовании квадрата был задействован телеуправляемый необитаемый подводный аппарат (ТНПА). Во время этих масштабных исследований были обнародованы и рабочие, и совершенно фантастические версии, обнаружено невероятное количество объектов, но «Армению» так и не нашли.

В воспоминаниях катерника М. М. Яковлева, говорится о мысах Сарыч и Айя. Они расположены к западу от Ялты. Получается, теплоход мог лечь на обратный курс. Очередной вопрос — зачем? Пока «Армения» ночью стояла на ялтинском рейде, Сталин подписал Директиву ставки ВГК № 004433 О мерах по усилению обороны Крыма, в которой предписывалось «Севастополя не сдавать ни в коем случае и оборонять его всеми силами». Возможно ли, что капитану «Армении» было приказано вернуть врачей обратно — в город, оставшийся без медицинской помощи? Это бы объяснило решение выйти из порта, не дождавшись темноты, в нарушение всех мер предосторожности.

Несколько групп отечественных исследователей в последние годы утверждали, что нашли теплоход как раз на обратном курсе. Они неоднократно публиковали в СМИ информацию о находках, сопровождая их данными аппаратного поиска. Однако эта версия не подтвердилась. Идентификация найденных ими объектов еще предстоит.